想成为PubMed高手必会的9个技巧

解螺旋 2019-05-14 15:57:51

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Pubmed作为国际上公认的最具权威的生物医学文献数据库,是科研者文献搜索的重磅利器。因而为了让各位实验新手快速晋级为玩转Pubmed的科研达人,本文则将压箱底的10大绝招倾囊相授,希望能助大家一臂之力。

 

1

广撒网,多捞鱼


在科研课题决定之初,利用Pubmed进行充分的文献调研早已是一件家常便饭的事情,然而让人头疼是,在搜索关键词后,跳出的结果大多不是自己想要的剧情,很多与关键词不匹配的文章充斥其中,无疑加大了研究者文献筛选的工作量。

 

举个栗子,打开Pubmed网页之后,在检索框中,输入Inflammatory bowel disease TNF后,点击“Search”或按Enter键,结果如下图所示。

 


显然,对于输入Pubmed的多词词组,它会查询词组索引,如果查到相应词组会将其作为一个检索词来检索,但如果没有查到相应词组,则会将其拆分成单个词分别检索。所以Inflammatory bowel disease TNF就相当于Inflammatory AND bowel AND disease AND TNF。

 

如果不想把词组分开咋办?方法很简单,四个锦囊妙计送给你:1)加双引号:“Inflammatory bowel disease”TNF;2)加标段标识[tw]:Inflammatory bowel disease[tw] TNF;3)加短横线:Inflammatory-bowel-disease TNF;4)加截词符*:Inflammatory bowel disease* TNF



2

查缺补漏,MeSH是“大功臣”


但是问题又来了,Inflammatory bowel disease还有一种缩略写法IBD,上面的搜索方式无疑会漏掉一些文献,而且还有一些关键词还会有很多同义词,不是一次性搜索就会全部出现的。此时,Pubmed里的一款总结同义词的利器——MeSH霸气上线了。

 

以liver cancer lncRNA为例,在MeSH里输入liver cancer,就会跳出主题词liver Neoplasms,这名词看上去可就高大上多了。

 


点击第一个主题词liver Neoplasms后,可寻找相应的副题词并进行打钩后,点击右边上的“Add to Search builder”加到你的关键词构建(PubMed Search Builder)中。这样第一条关键词就是“肝肿瘤的遗传学分析”



然后不要退出,继续输入关键词lncRNA,也通过“Addto Search builder”加到关键词构建中,这个时候需要注意的是,用“And”这种逻辑语言的话,就代表求交集了,当然还可以自主换别的逻辑语言。构建完你的关键词之后,点击了“SearchPubMed”就OK了。



3

精确检索文章


当然你要是有所针对的或特异性的搜索具体作者、杂志或者其他信息等,还可以进行更加高级的检索,点Advanced就可以了!



进去之后是个这个界面,检索之后的步骤就是一样的了:

 



又或者,在Pubmed的主页面中,点击Pubmed Tools中的Single Citation Matcher,进入以下界面,输入特定的杂志、日期、作者名字(第一作者或通讯作者)即可靶向某篇特定的文章。



 

4

获取全文攻略


Pubmed是摘要数据库,其本身并不提供文献全文服务。对于检索到的文献,若检索结果列表中显示的PMC Full text 图标的文章。这类文章可以直接到PMC 中去阅读网页版的全文,或者在网页版全文阅读页面找到PDF 下载链接进行下载。



另外,LinkOut-more resources这里也可以链接到数据库,若数据库中的有全文链接,也可直接点击PDF进行下载。



5

临床研究文献检索


一般,Pubmed检索出的整体结果是未经分类,研究者需自行阅读分类或使用filter(滤器)自行筛选。因而,若想查看具有针对性的临床研究文章,也需花费大量的时间和精力。但是Pubmed主页里Pubmed Tools中的Clinical Queries可让研究者简便快捷的找到相关文献。

 


点击后,可进入以下界面,其中包括了三大板块:Clinical Study Categories(可选择病因、诊断、治疗、预后和临床预测指南等)、Systematic Reviews和Medical Genetics(临床遗传学)。



选择右下的see all,回到PubMed主页。输入你的二级关键词:TNF,点击搜索文章即可。



6

追踪最新文献


首先sign in to NCBI,即登陆“My NCBI”,没有的小伙伴可以注册一下。其次在搜索框中输入breast cancer,点击Search按钮后在新界面中点击Create alert。


 

在新的界面中,根据自己的研究热点、时间安排等来设置推送的文章内容以及接收频率。设置完成后点击save即可。



之后,点击右上角的My NCBI,可在以下界面中点击Manage Saved Searches,可更改、删除自己的设置。



7

英文期刊查询


当已知杂志名称或者杂志ISSN号(国际标准期刊编号)时,在Pubmed检索框分类选项中选择“NLM Catalog”,在检索内容框中输入杂志名称(用引号进行限制)或ISSN号,点击Search进行检索即可。



当已知某篇英文文章时,以《Surgical treatment of pulmonary tuberculosis:the phoenix of thoracic surgery》为例,可在Pubmed中检索出该文章后,点击杂志名称J Thorac Dis,此时会跳出自动选择框,点击选择“Search in NLM Catalog”,即可进入杂志信息页面。



8

Pubmed神插件


为了直接让Pubmed直接显示杂志的影响因子,可以通过以下两款神插件——pubmedy和“医学文献助手”来实现。将其安装至浏览器后,会在Pubmed搜索界面下直接查看IF、Cited、Citation以及FullText(PDF)/direct pdf等。对于pubmedy插件,目前支持以下8种浏览器,一般将插件直接拖入浏览器即可。



以Google浏览器的安装为例,如下图所示:



9

手机上优雅地使用Pubmed


关注微信公众号:Pubmedplus,然后即可手机页面中点击pubmed进入搜索界面。



选择“搜索”按钮后,选择相关文献后,可查看其IF(影响因子)、Cited(被引次数)、Ref(参考文献)、Fulllink(全文链接,其中FreeFull是免费的)、scihub。

 


另外,该搜索引擎还可进行中文搜索,即实现中文输入检索式自动翻译为英文,并进行搜索。还可通过“一键翻译”将文章摘要直接翻译为中文,准确度高!