你知道这些生物学软件使用技巧吗?(上)

基迪奥生物 2018-11-20 06:25:32

学会这些生物学使用技巧,让你的工作效率提高90%

做科研的,每天都要和生物学软件打交道,难免遇到各种奇葩问题。但实际上,很多软件都有特别的使用技巧,懂得这些技巧,会让你事半功倍噢。




Q1. 数据输入怎么查找序列保守区?

A1:很多人查找序列保守区,一般通过序列多重比对后,肉眼判断序列保守区,但此法难免太主观,不具重复性,且选择的保守区无法受统计上的显著性检验。其实,实现这一目的,可以使用DnaSP-->  “Analysis”  -->“Conserved DNA region”...


小编注:设计简并引物用此法,简单易用 ,强烈推荐...


Q2. 多个 FASTA格式保存的单条序列如何批量快速合并为一个文件?

A2 : 一条条添加,费时费劲,且容易出错。解决的办法有两个:一是可以通过DNAMAN的“多重序列比对”后导出功能,即:添加序列所在的目录,或全选相关文件,进行多重比对,导出Clustal aln 文件,然后再转换为FASTA;二是使用我们2012年新开发的序列火枪手套件的“Seq Merger.exe” 即可快速实现合并。



Q3. 如何解决 Clustalx 多重比对(*.Aln格式)后转为MEGA 格式时提示出错的问题?

A3:检查所转换 MEGA 的 *.meg 文件最后几行内容是否有*号,全部删减之即可。因为 Clustalx 多重比对后,程序会自动添加一致序列。



Q4. 为什么DNAMAN软件的很多功能菜单都显示无法使用?

A4:DNAMAN软件的精华在于通道Channel)的应用,遇到功能菜单呈灰度无法使用时,不妨将序列载入通道后再试试...(So easy!


Q5. 如何让多重比对美观显示又不占篇幅?

A5:推荐使用Web Logo(http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi)或 Sequence Logo之类的在线工具处理。其实这类工具还有一个妙用-可用于设计简并引物,简并序列一目了然,如下图的第7个碱其位点,G/A=R。(这就是传说中的小而美,有木有!好的,不回答当默认了



Q6. 如何在多重比对序列的上方显示对应的蛋白质二级结构?

A6:使用ESPript(http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi)对多重比对序列着色的同时,上传预测的蛋白质结构文件*.pdb 即可,效果如下图所示。



Q7. 如何批量将核苷酸序列翻译为蛋白质序列?

A7:推荐使用 MEGA 中的Alignment Explorer,先将待翻译的序列以 FASTA 格式保存,鼠标右键“打开方式”选择用MEGA打开,在MEGA界面点击“Translated Protein Sequence”即可(下图箭头指示位置),最后在“Data”菜单导出序列保存:



……待续,本文作者是生信大神Raindy


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